1、运行环境不同
传统的HTML5的运行环境是浏览器，而微信小程序的运行环境并非完整的浏览器
小程序在开发过程中会用到一些HTML5相关的技术（并非全部）
小程序最后发布上线需微信审核，微信在不更新自身软件的情况下可以将小程序自身软件内
脚本内无法使用window、document对象（基于这一点，像zepto/jquery这种操作dom的库就被完全抛弃了）

2、开发成本不同
当我们面对一个HTML5 web开发需求时，我们需要考虑什么呢？抛去开发工具（vscode、sublimtext、Atom等）不谈，大到前端框架（Angular、react、vue、backbone等）、模块管理工具（Webpack 、Browserify 等）、任务管理工具（Grunt、Gulp等），小到UI库选择、接口调用工具（ajax、Fetch Api等）、浏览器兼容性等都要我们一一考略，再不济用jqery插件写H5，也要在开发过程中去寻找合适的jquery插件来配合项目。尽管这些工具可定制化非常高，并且提高了开发者的开发效率，但我相信项目开发的配置工作已经消耗了不少精力，尽管大部分开发者都有自己的配置模板，但长久以来对于项目中使用的各种外部库的版本迭代、版本升级所产生的成本应该也不低。
当需要调用后端接口时，调用发起请求API
当需要上传下载时，调用上传下载API
当需要数据缓存时，调用本地存储API
引入地图、使用罗盘、调用支付、调用扫码等等功能都可以直接使用
UI库方面，框架自然带有自家weui库加成
并且在使用这些API时，你不用再去顾虑浏览器兼容性，不用担心生产环境中出现不可预料的奇妙BUG，可见微信小程序的开发成本确实相比以往的web开发低很多。

3、获取系统级权限的不同
微信小程序相对于HTML5 web应用能获得更多的系统权限，比如网络通信状态、数据缓存能力等，这些系统级权限都可以和微信小程序无缝衔接，而这一点恰巧是HTML5 web应用经常被诟病的地方，这也是HTML5的大多应用场景被定位在业务逻辑简单、功能单一的原因。

4、应用在生产环境的运行流畅度
长久以来，当HTML5应用面对复杂的业务逻辑或者丰富的页面交互时，它的体验总是不尽人意，需要不断的对项目优化来提升用户体验。但是由于微信小程序运行环境独立，尽管同样用html+css+js去开发，但配合微信的解析器最终渲染出来的是原生组件的效果，自然体验上将会更进一步。